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新的大内酯数据库可以帮助药物发现研究

北卡罗莱纳州立大学和合作制药公司的研究人员创建了一个免费使用的数据库,其中包含14,000种已知的大内酯-药物开发中使用的大分子-包含有关该结构类分子特性,化学多样性和生物学活性的信息。这个名为MacrolactoneDB的数据库填补了有关这些分子的知识空白,可以作为将来发现药物的有用工具。

大内酯是具有至少12个原子的环状结构的分子。在许多有用的特性中,大内酯能够与困难的蛋白质靶标结合,使其适用于抗病毒药,抗生素,抗真菌药和抗寄生虫药。但是,它们的尺寸和复杂的结构使其难以合成。

“大分子内酯是钛酸分子,它们的大小给可能想要与之合作的研究人员带来了挑战,”协作状态制药公司首席执行官,NC州比较医学研究所成员,UNC-教堂山的埃舍尔曼学院驻地企业家,肖恩·埃金斯说。药学和该研究的通讯作者。“我们想通过创建这些分子及其性质的公开数据库来解决这个问题。”

北卡罗莱纳州立大学的研究生和论文的第一作者Phyo Phyo Zin挖掘了13个公共数据库中的14,000个已知的大内酯,并将其编译为MacrolactoneDB。她策划的大内酯化合物中只有20%具有与其相关的生物学数据。

Zin,Ekins和北卡罗莱纳州立大学化学副教授Gavin Williams对大内酯的分子特性进行了化学信息学分析,并开发了91个描述符来更好地表征分子。研究人员随后研究了一些大内酯的三个感兴趣的靶标-特别是疟疾,丙型肝炎和T细胞-并使用机器学习技术来了解大内酯与这些靶标之间的构效关系。

威廉姆斯说:“我们知道大内酯类药物是有效的,但是对于什么才是好的药物,我们还不知道很多。”“这就是我们着手进行这项研究的原因。我们发现可以对这些分子利用机器学习,并且改进我们对大内酯的分析和描述将改善未来的预测模型。”

埃金斯说:“现在,对这些分子或利用大内酯进行药物开发感兴趣的任何人都拥有一个用户友好的数据库,可以在一个位置访问所有内容,”“研究人员可以问什么使特定的大内酯分子非常适合特定的生物学应用的问题。

“希望MacrolactoneDB可以帮助我们理解这种不同种类的分子,并在创建新分子方面向前迈进。”

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